Sekretariat memiliki 2 Subbagian yaitu:
1. Subbagian Program dan Keuangan
- Fokus pada perencanaan, anggaran, keuangan, dan pelaporan
2. Subbagian Umum dan Kepegawaian
- Fokus pada administrasi umum, kepegawaian, aset, dan rumah tangga
Secara umum, tugas pokok Sekretariat adalah melaksanakan koordinasi penyusunan program, pengelolaan keuangan, kepegawaian, umum, perlengkapan, serta pelaksanaan monitoring, evaluasi, dan pelaporan di lingkungan dinas
Adapun fungsi-fungsi utama Sekretariat meliputi:
1. Koordinasi Penyusunan Program dan Anggaran
- Menghimpun dan mengoordinasikan penyusunan Renstra (Rencana Strategis) dinas
- Menyusun Renja (Rencana Kerja) tahunan
- Mengoordinasikan penyusunan RKA dan DPA dinas
- Melakukan sinkronisasi program antar bidang
- Menyusun indikator kinerja utama (IKU) dan perjanjian kinerja
- Menyiapkan bahan Musrenbang dan forum perangkat daerah
2. Pengelolaan Keuangan
- Menyusun perencanaan anggaran dan penatausahaan keuangan
- Melaksanakan verifikasi dokumen keuangan (SPJ, SPP, SPM)
- Mengelola kas dan pembukuan keuangan
- Menyusun laporan keuangan (LRA, Neraca, CaLK)
- Mengoordinasikan tindak lanjut hasil pemeriksaan (Inspektorat/BPK)
- Mengendalikan realisasi anggaran dan melakukan evaluasi serapan
3. Pengelolaan Kepegawaian
- Mengelola administrasi kepegawaian (data ASN, SIMPEG)
- Mengusulkan kenaikan pangkat, gaji berkala, dan mutasi
- Mengelola cuti, izin, dan disiplin pegawai
- Menyusun Sasaran Kinerja Pegawai (SKP) dan evaluasi kinerja
- Mengelola kebutuhan formasi dan pengembangan SDM (diklat/bimtek)
- Menyiapkan bahan penilaian kinerja dan penghargaan pegawai
4. Pengelolaan Umum, Tata Usaha, dan Kearsipan
- Mengelola surat masuk dan keluar (disposisi pimpinan)
- Menyelenggarakan tata naskah dinas
- Mengelola arsip aktif dan inaktif sesuai ketentuan kearsipan
- Menyediakan layanan administrasi perkantoran
- Mengelola perpustakaan/dokumentasi dinas (jika ada)
5. Pengelolaan Barang Milik Daerah (BMD) dan Perlengkapan
- Menyusun rencana kebutuhan barang milik daerah (RKBMD)
- Melaksanakan pengadaan barang/jasa (administratif)
- Mengelola inventaris aset (KIB, SIMDA BMD/SIPD)
- Melakukan pemeliharaan, pengamanan, dan penghapusan aset
- Menyusun laporan barang milik daerah
6. Pelayanan Rumah Tangga Dinas
- Menyediakan sarana dan prasarana kerja
- Mengatur kebersihan, keamanan, dan kenyamanan kantor
- Mengelola kendaraan dinas dan operasional
- Menyiapkan konsumsi dan fasilitas rapat/kegiatan
7. Humas, Protokol, dan Dokumentasi
- Menyiapkan bahan publikasi kegiatan dinas
- Mengelola hubungan masyarakat dan media
- Menyiapkan keprotokolan pimpinan (kunjungan kerja, acara resmi)
- Mendokumentasikan kegiatan (foto, video, berita)
8. Monitoring, Evaluasi, dan Pelaporan
- Menghimpun data pelaksanaan program/kegiatan dari seluruh bidang
- Melakukan monitoring dan evaluasi capaian kinerja
- Menyusun laporan kinerja (LKjIP), LPPD, dan laporan lainnya
- Menyusun laporan bulanan, triwulan, dan tahunan
- Mengelola sistem pelaporan berbasis aplikasi (SIPD, e-Monev, dll.)
Melalui pelaksanaan tugas dan fungsi tersebut, Sekretariat Dinas Kelautan, Perikanan, Pertanian dan Pangan Kota Lhokseumawe berkomitmen untuk memberikan dukungan administrasi, perencanaan, dan pelayanan internal yang profesional, efektif, dan akuntabel guna menunjang kelancaran pelaksanaan program dan kegiatan di seluruh bidang, sehingga terwujud tata kelola pemerintahan yang baik serta peningkatan kinerja dinas dalam mendukung pembangunan sektor kelautan, perikanan, pertanian, Peternakan dan pangan sebagai pilar ketahanan ekonomi daerah dan nasional.